A Justiça Federal determinou que o governo de São Paulo dê início de forma imediata à criação do Sistema Estadual de Prevenção e Combate à Tortura. A decisão estabeleceu que o Executivo estadual tem quatro meses para estruturar um plano de instituição dos dois órgãos que devem compor o sistema: o Comitê e o Mecanismo Estadual de Prevenção e Combate à Tortura. A ação foi apresentada pelo Ministério Público Federal (MPF) e pela Defensoria Pública do Estado de São Paulo (DPESP).
O Comitê terá a função consultiva, com a responsabilidade de acompanhamento de processos judiciais e administrativos, além de apoiar as ações do mecanismo, que será responsável por realizar visitas a penitenciárias e hospitais psiquiátricos, a fim de realizar vistorias e garantir o não descumprimento dos direitos humanos.
De acordo com a decisão da juíza Luciana Ortiz Zanoni, o plano precisa conter a "estrutura, os recursos orçamentários e o número de cargos necessários ao adequado funcionamento do órgão". Segundo a magistrada, as visitas aos sistemas de privação da liberdade precisam ocorrer em todo o Estado e de maneira periódica, no mínimo anualmente. Cada etapa do cronograma descumprida acarretará em uma multa no valor R$ 100 mil. Caberá à União cooperar para a implementação das medidas e acompanhar seu desenvolvimento.
O Executivo paulista rejeitou, em 2019, a adesão ao Sistema Nacional e vetou um projeto de lei aprovado na Assembleia Legislativa para a criação do Comitê e do Mecanismo em nível local. O veto continua pendente de análise pelos deputados.
De acordo com o MPF, em 2023, mais de 202 mil pessoas estavam sob custódia do Estado de São Paulo. O número corresponde ao sistema prisional, com 196,6 mil detentos, e também a outras instituições voltadas à privação de liberdade, como centros de atendimento socioeducativo, serviços de acolhimento terapêutico e hospitais psiquiátricos.